安徽农业大学工学院的前身为1958年建立的安徽农学院农业机械系，1959年开始招生，1989年农业机械系更名为农业工程系，2001年再次更名为工学院。学院设有农业机械系、机械工程系、电气工程系、车辆工程系、建筑工程系、水利工程系、实验中心、机电工程园等8个二级机构。现有农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、车辆工程、电气工程与自动化、农业水利工程、土木工程等6个一本专业。其中农业机械化及其自动化专业2010年被教育部批准为国家级特色专业，机械设计制造及其自动化专业2008年被省教育厅批准为省级教改示范专业，工学基础实验中心、工程图学实验中心和农业工程实验中心在2005、2012、2014年分别被批准为省级实验示范中心。目前，学院共有全日制在校本科生近2000人，硕士研究生180余人。近3年来，毕业生的初次就业率均在95％以上，位居学校前列。

工学院现有在职教职工79人，其中教授9人，副教授23人，讲席教授4人，博士生导师1人，硕士生导师(含校外导师)60人，教师中博士后6人，具有博士学位32人。现有“作物生产机械化工程”二级学科博士学位授权点1个，“农业工程”和“机械工程”2个一级学科硕士学位授权点，下设农业机械化工程、农业生物环境工程、农业电气化与自动化、农业水土工程、机械设计及理论、机械电子工程、车辆工程、机械制造及其自动化等8个二级学科硕士学位授权点。“农业机械化工程”学科为安徽省省级重点学科，“农业建筑环境与能源工程”学科为校级重点扶持学科，“农业机械化工程”实验室为校级重点扶持实验室。

近3年来，学院先后承担国家自然科学基金、农业部行业专项、国家重点研发计划项目等省部级以上各类科研项目80余项，科研经费近2600万元；在国内外各类期刊和学术会议上发表学术论文332篇，其中SCI、EI收录论文80余篇；编著出版教材及专著37部，其中主编、副主编17部；获全国优秀教师1人、省级教学名师1人、省级教坛新秀2人、省级学术和技术带头人1人、省级学术和技术带头人后备人选2人；学院7名教师入选安徽省农业机械产业技术体系岗位专家，其中首席专家1名；获教学成果二等奖2项、三等奖1项，获省部级科技进步奖6项，其中一等奖3项；获省级科技鉴定成果17项，国家发明专利授权60多项。

学院注重对学生的全方位培养，目前与芜湖宝骐汽车制造有限公司合作设有“宝骐新能源”虚拟班奖学金，并与中联重科、驰纬电气、中冶第十七局、多家行业知名企业合作建立了教学和就业实习实践基地；学院积极鼓励并指导学生参加各类学科竞赛，近年来在全国“挑战杯”系列竞赛、全国周培源大学生力学竞赛、全国大学生机械创新大赛、全国大学生电子设计竞赛等国家A类赛事中屡获佳绩，学生整体学科素养得到提升；学院应届毕业生的研究生录取率逐年提升，目前已达到20%以上，其中考取中国科学技术大学、浙江大学、东南大学、北京航空航天大学、厦门大学、湖南大学等国内“985”、“211”高校的学生超过50%；多年来，学院为国家培养输送了上万名高级工程专门技术人才，毕业生遍及国家电网各基层单位、比亚迪、长安汽车、久保田集团等省内外知名机械制造企业、以及中铁集团、中建集团等国有大型建筑设计施工单位，涌现出了如安徽环新集团董事长潘一新、芜湖宝骐汽车制造有限公司总裁杨爱喜等知名校友。