安徽农业大学马克思主义学院源于1953年安徽农学院独立建院之后的马列主义教研组。1956年10月，学校在全体学生中开设“社会主义思想教育课”。1965年6月，马列主义教研组由安徽农学院党委直接领导。“文革”期间，学校下迁宿县、滁县、凤阳办学。1973年1月，宿县总院设政治理论教研室，由院党委直接领导，在滁县、凤阳两个分院设政治理论课小组。1976年设马列主义教研室，直属院党委领导。1979年马列主义教研室随学校回迁合肥。1992年11月，马列主义教研室、德育教研室、大学语文教研室合并成立人文社会科学系。1994年4月，学校成立文理学院，人文社会科学系并入文理学院。1995年3月，安徽农学院更名为安徽农业大学。1998年10月，人文社会科学系成立正处级直属系，并更名为社会科学部。2002年6月，社会科学部更名为人文社会科学学院。2004年7月成立马克思主义理论与思想政治教育教研部，副处级建制，隶属人文社会科学学院。2005年3月，马克思主义理论与思想政治教育教研部更名为思想政治理论课教研部。2016年5月，思想政治理论课教研部整体划转成立马克思主义学院，为独立建制的学校二级教学科研机构。2020年11月，成立马克思主义学院党总支。

学院2018年获入选安徽省重点马克思主义学院，教师党支部2019年入选首批“全省党建工作样板支部”。2020年在原有马克思主义基本原理和思想政治教育两个二级硕士学位授权点基础上获批马克思主义理论学科一级硕士学位授权点。现有专任教师53人，其中有教授7人，副教授14人，博士15人，在校硕士研究生150人。学院建有安徽省中国特色社会主义理论体系研究中心安徽农业大学研究基地、安徽农业大学习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心。下设马克思主义基本原理、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、中国近现代史纲要、思想道德与法治、形势与政策、研究生思想政治理论课等6个教研部，思想政治理论课实践（网络）教学、马克思主义理论学科建设（研究生培养）2个中心。学院负责全校本科生及硕士、博士研究生的思政课教学，马克思主义理论学科建设、研究生培养工作。

学院成立以来，教师主持获批国家社科基金3项，教育部高校示范马克思主义学院和优秀教学科研团队建设（重点选题）项目1项，其他教育部及省级教学科研项目50余项。在CSSCI期刊及省级以上党报党刊上发表论文近50篇。2019年学院主持申报“农林高校研究生思政课‘一懂两爱’人才培养模式与实践”获安徽省教学成果一等奖。学院现拥有6个省级“弘扬核心价值观名师工作室”、3个省级大规模在线开放课程（MOOC）、1个省级精品线下开放课程、1个省级示范基层教学组织。专任教师中有安徽省高校思想政治理论课教指委委员3人（其中“形势与政策课”分教指委主任委员1人），安徽省大中小学思政课一体化建设指导委员会委员1人。近年来，专任教师获得多个省级及以上荣誉、称号，其中有教育部2016年度“高校思政课教师年度影响力提名人物”1人，省学术和技术带头人后备人选1人，省2017年度“高校思政课教师年度影响力人物”1人，省“高校100名卓越教学名师”1人，省级教学名师2人，省级教坛新秀3人，省高校思政工作领军人才2人，省高校思政工作中青年骨干教师2人。教师获省级教学比赛一等奖1项、二等奖3项、三等奖4项。

学院坚持“马院姓马，在马言马”的鲜明导向和办学原则，按照“六要”标准不断加强教师队伍建设，按照“八个统一”积极推进思政课改革创新，引导大学生增强“四个意识”，坚定“四个自信”，做到“两个维护”，切实做好习近平新时代中国特色社会主义思想“三进”工作，积极打造我校党的创新理论的宣传高地、扣好人生第一粒扣子的教育基地、马克思主义理论的研究阵地、适应时代需求的研究生培养园地、师生和谐健康的温馨栖息地，努力培养知农爱农新型人才，培养堪当民族复兴重任的时代新人，培养德智体美劳全面发展的社会主义建设者和接班人。（数据截止至2021年10月25日）