华东理工大学生物工程学院的办学历史起源于1955年国内最早成立的我校抗生素制造工学专业。1972年上海科学技术大学生物系调入我校，1980年抗菌素专业更名为生物化学工程专业，1982年生物化学工程系成立。1986年食品工程专业招生。1996年生物工程学院成立。

学院（系）于1991年获批全国第一个生物化工博士点，1995年建成生物反应器工程国家重点实验室，1996年成立国家生化工程技术研究中心（上海）。2002年生物化工被批准为国家重点学科，2008年生物工程被批准为国家特色专业，2015年国内第一个生物工程博士学位授权一级学科获得批准。

学院（系）坚持生物学与工程学相结合的办学理念，突显生物过程工程学科特色，强化专业教学与科研、产业间互动，累计为国家培养出杨胜利院士、李永舫院士、刘昌胜院士为代表的9000多位具有扎实工程学基础和生物学基础、注重实践和创新能力的高素质优秀人才。

学院现设生物工程、生物科学、生物技术、食品科学与工程、食品质量与安全5个本科专业。研究生培养设置了生物工程（一级学科）、生物化工（二级学科）、生物学（一级学科）、食品科学（二级学科）4个硕士点，生物工程（一级学科）、生物化工（二级学科）、生物化学与分子生物学（二级学科）3个博士点，以及生物工程、食品工程2个专业学位领域。学院拥有国内外顶尖的学科带头人和一大批中青年学术带头人及学术骨干，师资力量雄厚，梯队结构合理。现有教职工182人，其中专任教师中具有正高职称40人，副高职称56人；博士生导师40人、硕士生导师82人。

学院拥有生物反应器工程国家重点实验室和国家生化工程技术研究中心（上海）两个国家级科研基地和若干研究所，承担了一大批国家级科研项目和重大横向课题，取得了数十项省部级、国家级科技奖项。学院正以继承传统、保持优势、开拓创新的步伐，朝着建设国际一流的研究型生物工程学院目标迈进。