环境学院已有30多年的办学历史，前身可追溯到1978年经水利部批准设立的环境水利科学研究所。1986年在农田水利系招收环境工程专业本科生，1988年成立环境工程系，1994年成立环境科学及工程学院，1995年与水资源水文系合并成立水文水资源及环境学院，2002年独立设置环境科学与工程学院，2009年更名为环境学院。学院设有环境工程系、环境科学系、环境生态工程系、市政工程系、化学中心、水资源保护与生态修复研究所、现代水处理技术研究所、水环境模拟与生态水力学研究所、环境规划与评价研究所、固体废弃物处理及资源化循环利用研究所、环境化学研究所、水污染控制研究所、污水资源化与低碳发展技术研究所、环境微生物研究所、环境水利科学研究所、实验中心等机构，建设项目环境影响评价资质证书（甲级）。浅水湖泊综合治理与资源开发教育部重点实验室挂靠我院建设与管理。2018年，河海大学环境新材料研究中心、河海大学农田污染防控研究中心成立并挂靠学院建设管理。2019年，江苏省城乡饮用水安全保障工程研究中心成立并挂靠学院建设管理。

学院的环境工程为国家重点（培育）学科和江苏省重点学科，环境科学与工程为江苏省重点学科。环境科学与工程一级学科在最新全国学科评估中排名第七，并入选江苏高校优势学科建设项目。设有5个本科专业、4个硕士学位授予权、1个一级学科博士学位授予权、4个二级学科博士学位授予权，设有环境科学与工程一级学科博士后流动站。目前，在校本科生1200余名，博士、硕士研究生500余名，外国留学生90余名。

全院现有教职工94名，其中：中国工程院院士1名。学院现有教授30名，副教授（含副研究员）31名。拥有博士生导师27名、硕士生导师40名，专任教师中具有博士学位比例100%。学院形成了可持续发展的学术团队，现有国家自然科学基金创新群体1个，教育部、江苏省创新团队3个。

近五年来，学院深入开展学科建设、教育教学改革和科学研究，形成以水资源保护、生态修复、水污染治理、饮用水安全、环境评价、固体废弃物处理等为特色的科学研究、技术开发、人才培养和观测实验基地。学院先后承担了国家973、863、国家自然科学基金重点项目、国家重大水专项和省部级直接服务于国家经济建设的重大科研任务等200余项。部分研究成果处于国际先进和国内领先水平，获得包括国家科技进步一等奖、国家自然科学二等奖、国家技术发明二等奖、国家科技进步二等奖等国家级、省部级以上科技奖励40余项，出版专著与教材30余部。学院年均科研经费4000余万元，发表SCI检索论文100余篇，获得国家专利40余项。目前，环境学院正以良好的态势迅猛发展，在国内外具有鲜明的学科优势和广泛影响。