教育科学研究院成立于2000年12月，是华中科技大学所属的教学与科研机构，前身为1980年10月创立的高等教育研究室。

1985年6月13日高等教育研究室扩充改建为高等教育研究所，2000年12月16日高等教育研究所与校内国家大学生文化素质教育基地、全国学位与研究生教育发展中心武汉研究基地、《高等工程教育研究》杂志等单位合并，组建教育科学研究院。

经过三十多年的建设和发展，学院在学科建设、科学研究、人才培养和社会服务等方面取得了长足的发展，已形成了“严要求、高起点、厚基础、求是、创新、重实践”的办学传统。