植物保护学院围绕学科领域发展前沿，立足国家和区域建设人才及技术需求，以创新有害生物安全控制理论和技术为主线，同时遵循“明德崇智、厚朴笃行”的校训精神，本着“把论文写在大地上”的总体思路，力争建成我国重要的、具有东北地域特色的植物保护人才培养、科学研究及社会服务基地。

植物保护学院下设植物保护、应用生物科学2个本科专业。

植物保护专业创建于1959年，是学校设立最早的专业之一，构建了以专业课教学实习、毕业论文设计与生产实践“三位一体”的综合实践教学模式，形成了具有特定内容与特点的“产学研一体化人才培养模式”。植物保护专业是国家首批“卓越农林拔尖创新型人才教育培养计划改革试点”专业和“专业综合改革试点”专业，吉林省首批高等学校本科品牌专业和“十二五”本科特色专业。

应用生物科学专业是李玉院士领导下创建的新兴特色专业，2007年申请成立，2009年批准招生，是我国第一个以菌类作物为特色的全日制本科专业，经过多年的教学实践，已建设形成“点-线-面”结合的专业人才培养体系，是区域经济建设服务和“三农”服务培养专业人才的重要专业。