锦州医科大学药学院的前身为锦州医学院（现为锦州医科大学）药学系，始创于1994年；随着学院的发展2002年3月更名为药学院。1998年起，招临床药学五年制本科生。2002年至2003年又相继增招了药学专业四年制本科生和医药经贸专业四年制本科生。2001年申报生药学硕士学位授予权，2002年开始招收生药学硕士研究生。2005年获批成为药学一级学科硕士授予权单位。2010年药学专业硕士学位通过国务院学位委员会审批，2011年招收药学专业学位硕士研究生。

药学院以本科教育为主，大力发展研究生教育。面向辽宁乃至全国，培养药品研发、生产、管理、服务、监测等方面的高级药学专业人才。现开设药学专业（四年制本科）,具有药学专业学士学位授予权和药学硕士学位授予权。

药学院下设6个教研室、1个中心实验室和1个辽宁省药物作用与质量评价工程技术中心。现有专职教师44人。专职教师中教授5名，副教授14名，讲师21名；博士研究生占教师总人数40%，硕士研究生占教师总人数90%以上。现有学术带头人11名，研究方向11个。现有硕士研究生导师16名，承担药物分析学、药剂学、药物化学、生药学、微生物与生化学等学科硕士研究生的培养任务。