为适应学校蒙古学发展的新形势，1983年组建成立专职科研机构“蒙古语言文学研究所”；于1992年成立“蒙古史研究所”和“宗教研究所”。2000年8月原内蒙古教育学院蒙古语言文学系的并入，对内蒙古师范大学中国少数民族语言文学学科注入了新的活力。

蒙古学学院，下设有蒙古语言文学系、蒙汉双语系、新闻学系等三个系。并设有蒙古语言文学研究所、蒙古史研究所和古蒙古语研究室等三个研究机构。除此之外有两个挂靠研究机构。即：“内蒙古师范大学蒙古学研究中心”和“内蒙古师范大学亚细亚民族溯源研究所”。全院共有教职工56名，其中教授19名，副教授21名，博士18名，硕士25名。

蒙古语言文学研究所下设现代蒙古语研究室、《蒙古秘史》及文献研究室、蒙古文学研究室、蒙古民间文学与民俗研究室等四个研究室。蒙古史研究所下设蒙古古代史研究室、蒙古文献研究室和蒙古宗教研究室等三个研究室。

全院拥有全日制硕士学位授权点11个，即：中国少数民族语言文学、中国现当代文学、文艺学、专门史、中国少数民族史、历史文献学、世界文学与比较文学，语言学及应用语言学、中国古典文献学、宗教、课程与教学论。此外，还有教育硕士专业学位授权点1个。1986年，中国少数民族语言文学学科被确定为内蒙古自治区重点学科。

蒙古学学院历经半个世纪的发展历程，在本科教育、学位与研究生教育、科学研究、对外学术交流等方面取得了令世人瞩目的成就。共培养全日制本、专科生1122名；本、专科函授生1000余名，研究生140余名，现在校全日制本科生656名，本、专科函授生416名，全日制硕士研究生125名；留学生21名。

五十余年来，以中国少数民族语言文学研究为重点的学术研究持续深入发展，研究领域日趋拓宽，新的专业生长点不断生成，极大地推动了全校的蒙古学研究，使其久已成为我国蒙古学研究的三大基地之一。