管理学院前身为我国最早成立的系统工程系和系统工程研究所（1979年）。1979年11月，著名科学家钱学森专程到校考察系统工程本科专业学生培养工作，并在上海机械学院系统工程研究所成立大会上发表讲话。同年学院办学即开展了国际化办学。12月，学校与美国麻省理工学院斯隆管理学院正式签订校际合作协议，这是改革开放后上海市最早的中外合作办学项目。

1981年，学院与麻省理工学院等美国、加拿大高校合作，开始举办全英文授课MBA项目；1983年美国《华尔街日报》发表专题报道，认为“此举开创了中国MBA教育的先河”。

1992年5月系统工程系和系统工程研究所合并成立系统科学与系统工程学院，1999年5月更名为管理学院，2004年原上海医疗专科学校管理系划归管理学院，2005年1月22日，由中国科学院系统科学研究所和上海理工大学合作组建，并由钱学森同志亲自题词命名的“上海系统科学研究院”在学校挂牌。2006年1月与学校商学院合并重组成立新的管理学院。商学院始建于1988年，渊源可追溯到20世纪30年代的沪江大学城中区商学院，1997年商学院与原上海机械高等专科学校的管理系合并重组成立新的商学院，历代校友在商界建树颇多，影响遍及五洲。

学院下设10个系和一个中心：信息管理与信息系统系、工业工程系、会计系、工商管理系、公共管理系、财政税务系、金融系、国际经济与贸易系、系统科学系、交通系统工程系，专业学位教育中心。另设有上海系统科学研究院、中国机械工业会计审计研究中心、教育部国别和区域研究中心-中国周边经济研究中心、上海市工程管理学会、上海市人民政府发展研究中心——上海理工大学“基于互联网+的上海创新发展”决策咨询研究基地、上海高校人文社会科学重点研究基地——上海理工大学电子商务发展研究院、企业创新能力研究中心、超网络研究中心、复杂系统科学研究中心、创业教育研究中心等研究机构。

学院已实现多类型、多层次办学模式。学科涉及四个学科门类：管理学门类下的管理科学与工程、工商管理、公共管理3个学科；经济学门类下的应用经济学1个学科；理学门类下的系统科学1个学科；工学门类下的交通运输工程学、系统工程学2个学科。

学院设有11个本科专业，一级学科博士学位授权点2个(管理科学与工程、系统科学)，一级学科硕士学位授权点4个（应用经济学、公共管理、工商管理、交通运输工程），专业学位类别硕士学位授权点10个（工商管理硕士、公共管理硕士、工程管理硕士、国际商务硕士、金融硕士、会计硕士、交通运输工程、工业工程、项目管理、物流工程），博士后流动站2个(管理科学与工程，系统科学)。其中管理科学与工程是上海市高原学科、系统科学是上海市高峰学科（一流学科）；应用经济学（经济系统运行与控制）是上海市教委重点学科。在全国高校第四轮学科评估中“管理科学与工程”排名第19，“系统科学”排名第3。2016年，学院获批“十三五”上海民政科研基地。

汪应洛院士任名誉院长、院务委员会主任。目前学院有教职工238人，专任教师202人，其中国务院学科评议组成员1人，教育部教指委委员1人，全国优秀教师1人，入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”1人，教育部霍英东基金青年教师1人，王宽诚育才奖1人，教育部高校骨干教师1人，机械部跨世纪人才学术带头人2人，宝钢优秀教师4人，曙光学者6人，上海市教育系统首届“科研新星”1人，浦江学者3人，上海市教学名师1人，上海市育才奖5人，入选上海市青年科技启明星计划2人，晨光学者1人。全院具有正高级职称人员31人，副高级职称87人，具有博士学位178人。

近三年，学院申请立项国家级项目20项，其中国家自然科学基金项目14项，国家社会科学规划项目6项，各类科研项目到款数共计2823万元；完成发明专利4项；完成软件著作权18项；有50多份咨询报告被政府采纳；出版专著43部、编著41部、译著2部。学院共发表论文1784篇，其中A类503篇，B类1082篇；检索高级别论文SCIE201篇，SSCI40篇。

2018年5月，学院正式通过AACSB国际认证，标志着上海理工大学成为非教育部高校中首个通过AACSB国际认证的大学。

学院现有1个本科中美合作办学项目，1个中瑞双学位国际合作办学项目。2018年，与美国威斯康辛大学、法国布雷斯特商学院、美国新泽西州立罗格斯肯顿商学院签订了合作协议，每年邀请大量外籍教师来院为合作办学项目授课和讲学，选派大量学生赴境外学习交流，接收了来自瑞典、德国、美国等国家的国际交流生百余人来院学习。