为深入学习贯彻落实党的十七大精神和2008年高校思想政治理论课工作会议精神，全面推进教育事业科学发展，充分发挥思想政治理论作为大学生思想政治教育主渠道的作用，切实加强思想政治理论课教师队伍建设，2008年11月经党委研究决定，成立由直属学校党委领导的马克思主义学院。

2009年1月12日马克思主义学院举行了挂牌仪式。马克思主义学院下设马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、中国近现代史基本问题、思想政治教育、新疆历史与民族宗教理论政策5个教研室，既是思想政治理论课教学部门和马克思主义理论研究机构，又是马克思主义理论学科点的依托单位。该院现设三个研究生专业：马克思主义中国化研究、思想政治教育、马克思主义基本原理。新疆师范大学新成立的马克思主义学院在自治区高校尚属首家，马克思主义学院的成立，将进一步强化马克思主义在高校的指导地位及其主流价值，是新疆师范大学进一步加强和改进大学生思想政治教育工作，规范思想政治理论课教师队伍建设，加快学校马克思主义理论研究和建设工程的一项重要举措。

马克思主义理论一级学科，设置于“法学”门类内，下设六个二级学科，即：马克思主义基本原理、马克思主义发展史、马克思主义中国化研究、国外马克思主义研究、思想政治教育、中国近现代史基本问题研究。马克思主义理论学科及其所属二级学科的方向设计，既要区别于原来的马克思主义理论与思想政治教育学科，也要区别于马克思主义哲学、政治经济学、科学社会主义等相关学科。为此，根据该院实际，确立了三个二级学科的研究方向及特色。1、马克思主义基本原理：兼具马克思主义基本原理研究和相关教育实践研究。其主要特色为：（1）马克思主义基本原理研究。（2）马克思主义理论教育规律与方法研究。2、马克思主义中国化研究：兼具马克思主义中国化理论研究和相关教育研究两部分内容，其主要特色是：（1）中国化马克思主义理论与发展研究。（2）中国化马克思主义理论教育研究。3、思想政治教育：（1）少数民族地区思想政治教育规律与方法研究（2）少数民族地区思想政治教育理论与实践研究。

2022年12月，新疆师范大学马克思主义学院等共同组建的乌鲁木齐市大中小学思想政治理论课一体化教育联盟正式成立。