园艺与植物保护学院组建于2006年9月，学院的办学历史可追溯到1902年张謇先生创办的通海农学堂。1971年开始开办植物保护、果树、蔬菜等本科专业，1982年在全国高校中最早将果树、蔬菜专业合并，开设园艺本科专业，1987年增设观赏园艺本科专业，2016年新增风景园林本科专业。

学院现有教职工110余人，其中教授22人，副教授35人，博士生导师18人，硕士生导师100余人（含校外），45岁以下专任教师中95%以上有博士学位。现有植物保护、生态学、园艺、园林、风景园林等5个本科专业，其中植物保护专业是省级特色专业，园艺专业是省级品牌专业，园艺专业和植物保护专业是江苏省"十二五"高校重点建设专业，园艺、园林专业是校级特色专业。学院面向全国10余省份招生，现有全日制在校本科生1100余人，博、硕士研究生近400人，有外国留学生数名，成教生400多人。

学院拥有植物保护、园艺学2个一级学科博士学位授权点，及“植物病理学”、“农业昆虫与害虫防治”、“农药学”、“蔬菜学”、“果树学”、“观赏园艺学”等8个二级学科博士学位授权点。建有植物保护、园艺两个一级学科博士后流动站，植物保护学科是江苏省“十三五”重点学科，植物保护学科、园艺学科是校级重点学科。有植物保护、园艺学一级学科硕士点2个，二级学科硕士点8个。建有扬州大学水生蔬菜研究室省级研究机构，有扬州大学应用昆虫研究所、经济林研究所、风景园林设计与旅游规划研究所、城市有害生物防治研究所、花卉研究所等5个校级研究机构，有植物保护、园艺与园林2个校级教学实验室，有实验农牧场、智能温室等校内实习场所及中国农科院等校外实习基地20余个。

学院一贯坚持理论联系实际的优良传统，在教学、科研、科技开发与科技成果转化等方面具有鲜明的特色和优势。学院开设的《昆虫学》先后获得国家级精品课程、国家共享精品资源课建设，《植物病理学》、《昆虫学》2门课程被评为江苏省级一类优秀课程。近年来，新增国家级行业专项、国家自然科学基金等国家级项目100余项，省市级各类项目500余项，年均到账科研经费2000余万元。教学科研成果再创佳绩，教师主编、参编出版的学术著作20余部，年均发表SCI、EI、ISTP论文近100篇，获得专利授权40余项，制定行业标准30项，获准新品种审定近20项。主持的一项科研成果获教育部科技进步一等奖，2项科研成果获国家科技进步二等奖（第3单位、第6单位各一项），有多项成果分获全国商业联合会科技进步一、二等奖和市厅级科技进步奖。近年来，学院共承担省级、校级教改课题10余项，先后有30多项成果分获各级教学成果奖。学院注重人才培养质量，多篇学生的毕业论文被评为省级、校级优秀论文，学生的作品先后荣获全国大学生“挑战杯”竞赛三等奖、全省"创青春"大学生创业大赛银奖等多项荣誉，学生就业率在98%以上。

学院一直注重对外交流与合作，与中国科学院和中国农科院等科研单位有着密切的科研合作关系，并与美国、日本、澳大利亚、德国、荷兰、香港、斯洛文尼亚等国家和地区建立了良好的合作关系。

“十三五”期间，学院坚持以人才培养为根本，以学科建设为龙头，教学与科研并重，不断深化教育教学改革，加强学科建设和师资队伍建设，积极开展学术研究与学术交流，注重理论与实践相结合，服务社会经济发展，努力把学院建设成为教学、科研、科技开发与社会服务协调发展的研究型学院，为把我校建设成为高水平研究型大学作出更大的贡献。