环境科学与工程学院的办学历史可追溯到20世纪70年代，1984年教育部批准成立海洋环境保护研究中心，1990年在国内率先设立环境海洋学博士点，2000年获批我国第一批环境科学与工程博士学位授权一级学科，同年设立环境科学与工程博士后流动站，2001年环境科学与工程学院正式成立。

学院设有环境科学系和环境工程系，现有教职工82位，已形成院士领衔，筑峰人才、杰青教授为学术带头人的教学科研队伍。学院具有从本科到博士完整的人才培养体系，环境科学学科为国家级重点学科，环境工程专业为国家级特色专业，环境科学与工程实验教学中心为国家级实验教学示范中心，学院现有博士生199名，硕士生316名，本科生407名。

学院在国内最早开展海洋环境研究，重点关注人类活动与全球变化背景下海洋环境、滨海湿地、大气环境、地质环境等相关问题的演变过程、机制与工程治理技术。在海洋污染物输运、海-气物质交换及其对海洋生态系统的影响、海洋污染物的环境过程和生物响应机制、水下三角洲地质环境监测与成灾机理等方面处于国内领先、国际先进地位。

学院将紧密围绕“海洋强国”建设的战略需求，强化团队建设，密切国际合作，力争在未来10-15年，在海洋生态系统演变机制、海洋污染物环境过程、海洋地质环境监测与灾害防控工程等方面达到国际一流水平，培养出若干海洋环境领域的领军人才，将学院全面建设成为海洋环境与生态领域多学科交叉研究、高层次人才培养的国际一流平台。